Родился в 1820 в семье причетника Казанской епархии. По окончании Казанской духовной семинарии (1842) определен учителем в Свияжское духовное училище. 
Пострижен в монашество (13.6,1845), рукоположен во иеродиакона (5.8.1945) и иеромонаха (3.3.1846). 
Смотритель Свияжского духовного училища (1853), настоятель Свияжской Макарьевской пустыни (с. 25.7.1856), настоятель Иркутского Вознесенского монастыря в сане архимандрита (с 19.7.1861). 
Хиротонисан во епископа Селенгинского, викария Иркутской епархии (9.2.1869). 
Назначен епископом Камчатским, Курильским и Благовещенским (17.10.1877). 
В том же году заложил первый в епархии храм во имя святителя Иннокентия Иркутского при братской трапезе Корсунского монастыря. 

Управлявший епархией с 1877 по 1885 гг. епископ Мартиниан (Муратовский) был известен своей миссионерской и просветительской деятельностью среди инородцев. Им были переведены на корейский и гольдский языки Евангелие, избранные псалмы, Литургия и Священная история. 
Епископ Таврический и Симферопольский с 11.5.1885 г. (с 14.5.1896 - архиепископ). 
Уволен на покой (19.1.1897). 

Скончался 5.июля1898 г. в Симферополе.